В середине 30-х годов, после разгрома конструктивизма и провозглашения принципиально нового подхода в идеологии архитектуры Советской России, Я. Чернихов, как и многие другие, подвергся жестокой критике. Из библиотек были изъяты его книги, а уже склишированные труды не были изданы.


Несмотря на это, Чернихов сохраняет способность генерировать новые идеи. Теперь уже действительно в пиранезианском стиле, в период 1934–1946 гг. он создает циклы работ «Архитектура дворцов», «Архитектурные ансамбли», «Архитектура будущего», «Архитектура мостов», «Дворцы коммунизма», в которых не только исследует образ архитектуры новой эпохи, но и вопросы формирования архитектурного ансамбля.


«Архитектура как искусство пространственных форм, как постоянно видимый и ощутимый образ является одним из могущественных факторов убедительной пропаганды великих идей коммунизма. Поэтому я стремился в проектируемых сооружениях показать те грандиозные перевоплощения человечества, которые впервые в истории жизни народов получили свое осуществление в нашей социалистической стране».


«Параллельно с тем, что я использую все богатство прошлого, но в новом его звучании, в унисон нашей советской социалистической действительности, я стремлюсь найти новый стиль, новые архитектурные формы и новые виды отображения творческих представлений. Поэтому я сосредоточил свое внимание на архитектурных фантазиях, так как считаю, что только таким путем имеется возможность разрешить столь сложную и ответственную проблему идеологической обоснованности сооружения...».


В 1943 году, когда Союзом архитекторов после разгрома фашистских войск под Сталинградом был объявлен конкурс на памятники героям войны, Я. Чернихов создает проектно-графическую сюиту «Пантеоны Великой Отечественной войны», в которой нашли воплощение трагедия и величие России во Второй Мировой войне. К конкурсу Я. Черниховым было подготовлено 9 проектов-перспектив Пантеонов, решенных в необычном для автора большом формате (900x1200 мм). Им была разработана подробная программа Пантеона, задуманного как грандиозный музей. После окончания войны число проектов превысило 50.


Варианты Пантеонов прорабатывались в многочисленных проекциях тематически и композиционно (фасады, разрезы и генпланы) для городов – героев Москвы, Ленинграда, Сталинграда, Севастополя, Киева, Минска и Одессы. Наряду с этим Яков Чернихов создал ряд проектов пантеонов, которые представляли собой героическую усыпальницу полководцев и героев Великой Отечественной войны.


«Героизм народа и отдельных его сынов найдут отклик в среде зодчих, которые запечатлеют эти подвиги в зримых, величественных сооружениях монументов, пантеонов, памятников, триумфальных арок и других достойных архитектурных произведениях... И каждый из нас должен в полной мере своих дарований создать лучшее, что в его силах».